Nel 1287 il genovese Oberto Doria assunse il potere in tutti i centri della Val Nervia ed Isolabona fu messa sotto la giurisdizione di Apricale. I Doria, di parte ghibellina, si scontrarono a lungo con i Grimaldi di Monaco, di parte guelfa. La lotta culminò il 22 agosto 1523 nell’uccisione di Luciano Grimaldi da parte di Bartolomeo Doria e nella devastazione di Dolceacqua, Apricale ed Isolabona da parte delle truppe dei Grimaldi. Isolabona passò ai Grimaldi per alcuni mesi finchè s’inserirono nello scontro i Savoia riportando al potere i Doria. Nel 1573 Isolabona ottenne l’indipendenza amministrativa da Apricale alla quale era unita fin dal XIII secolo. Nel secolo successivo Carlo Emanuele I di Savoia s’impossessò del borgo spodestando Carlo Doria (1627) ma il figlio Francesco riuscì a farsi riconoscere pochi anni dopo (25 gennaio 1652) la signoria di Isolabona e degli altri centri della Val Nervia. Il Settecento fu un secolo caratterizzato da carestie, epidemie di peste ed alluvioni che misero in ginocchio l’economia del borgo. La discesa di Napoleone Bonaparte in Italia produsse delle scosse politiche non indifferenti ed Isolabona finì nel Dipartimento delle Alpi Marittime facente capo a Nizza (1805). Dopo la restaurazione dei Savoia al potere (1815) Isolabona confluì nella provincia di Oneglia rimanendovi per tutto il periodo risorgimentale per passare in seguito alla provincia di Porto San Maurizio (1860). Nel 1944 i Tedeschi occuparono il borgo ed Isolabona fu al centro di duri scontri con i partigiani liguri.